Hikmah dan Pelajaran dari Kehidupan

Seorang bangsawan Jerman yang mempunyai istana di perbukitan di tepi Sungai Rhein. Sebagai seorang pecinta musik, ia memasang beberapa kawat diantara 2 menara di kuilnya dengan harapan kalau-kalau angin akan menggetarkan kawat-kawat itu sehingga menghasilkan musik.

Tetapi aliran angin sungai Rhein tidak menghasilkan suara sedikitpun. Pada suatu malam, terjadilah badai hebat di lembah itu.
Badai yang dahsyat menerpa istana bangsawan tersebut. Bahkan gunung-gunung sekitar pun tampak terguncang. Sang bangsawan membuka tirai jendela untuk mengawas perkembangan badai, dan dalam keheranannnya, ia mendengarkan alunan musik yang merdu. Sekarang kawat-kawat itu mendesing bagaikan petikan senar gitar.

Ternyata kawat-kawat itu memerlukan badai untuk menghasilkan melodi yang merdu dan indah!

Think to learns: Demikian pula dlm kehidupan ini, kenyamanan sering membuat kita tdk kreatif, karakter asli tidak kelihatan..
Terkadang kita membutuhkan badai utk dapat mengekspresikan indahnya kehidupan..

Badai yang datang dalam hidup kita dapat membuat musik yang merdu dan indah keluar dari diri kita, asalkan kita mampu meresponinya dgn benar.
Badai membuat kita semakin kuat, dewasa, semakiin bijak dalam menyikapi stiap permasalahan.. 

Dlm kondisi yg "biasa2 saja", seringkali tidak ada kreatifitas yg keluar dari diri seseorang..
So, jika saat ini kita sdg hadapi tekanan, masalah, jgn cepat2 mngeluh..
justru jadikan kesempatan utk kita keluarkan alunan musik yang indah dalam hidup kita, yg bisa membangun diri kita, dan dpt dirasakan serta dinikmati orang lain.

"Bagaimana anda sesungguhnya adalah bagaimana saat anda meresponi dan menghadapi badai dalam kehidupan anda, bukan saat anda ada dlm kenyamanan"

Semoga teman-teman bisa mengambil hikmah dari kisah diatas dan menjadi pelajaran berharga bagi kita semua.^-^

Fungsi Protein

Pengertian Protein

Pengertian protein. Mungkin di antara kita sudah cukup tahu apa itu protein sebenarnya? Protein merupakan zat yang sangat penting dibutuhkan oleh manusia karena protein bukan hanya sekedar bahan struktural, seperti lemak dan karbohidrat. Protein merupakan kelompok dari makromolekul organik kompleks yang diantaranya terkandung hidrogen, okisgen, nitrogen, karbon, fosfor dan sulfur serta terdiri dari satu atau beberapa rantai dari asam amino.

Pengertian protein dalam ilmu gizi adalah suatu kelompok makronutrisi berupa senyawa asam amino yang berfungsi sebagai zat pembangun dan pendorong metabolisme dalam tubuh. Zat ini tidak dapat dihasilkan sendiri oleh manusia kecuali lewat makanan seperti halnya makanan yang mengandung protein. Fungsi protein akan di jelaskan pada bagian bawah artikel.

Protein merupakan salah satu dari biomolekul raksasa, selain diantaranya polinukleotida, polisakarida, lipid, dan yang merupakan penyusun utama dalam perkembangan makhluk hidup. Protein juga merupakan salah satu molekul yang paling banyak diteliti dalam biokimia. Protein ditemukan pertama kali oleh Jöns Jakob Berzelius pada tahun 1838. Penjelasan protein menurut Wikipedia Indonesia :Protein. Itulah pengertian protein.

Fungsi Protein

Fungsi protein. Protein selain berfungsi sebagai zat pembangun dalam tubuh, protein juga berfungsi sebagai penyokong berbagai aktifitas organ tubuh dan metabolisme. Fungsi protein bagi tubuh banyak sekali, berikut adalah beberapa fungsi protein :

1. Setiap gram dalam protein dapat menghasilkan 4,1 kalori, yang cocok sebagai sumber energi.
2. Mengatur metabolisme tubuh.
3. Protein dapat sebagai asupan energi utama untuk yang sedang diet rendah gula.
4. Menjaga keseimbangan antara asam basa dan keseimbangan cairan dalam tubuh. Protein berperan penting dalam menjaga stabilitas pH cairan tubuh.
5. Protein merupakan bahan dalam sintesis substansi seperti halnya hormon, zat antibodi,dan organel sel lainnya
6. Protein membantu proses pertumbuhan pada anak-anak dan remaja karena sel-sel tubuh mendapat cukup asupan zat pembangun.
7. Membantu kerja tubuh dalam menetralkan atau menghancurkan zat-zat asing yang masuk ke dalam tubuh.

Sumber Protein

Manusia sangat di anjurkan untuk mengkonsumsi berbagai sumber protein dari berbagai jenis makanan. Karena makanan satu dengan makanan lainnya mengandung protein yang berbeda. Fungsi protein berbeda-beda pada setiap makanan. Berikut adalah sumber protein nabati dan hewani yang cocok untuk di konsumsi :

Sumber Protein Nabati

contohnya seperti kacang-kacangan (kedelai, almond, kacang mede, kacang hijau , kacang hazel, kacang merah), jintan, biji bunga matahari dan biji labu.

Sumber Protein Hewani 

contohnya seperti daging merah, daging unggas, telur, ikan dan produk susu.

Dengan melihat dari pengertian protein dan fungsi protein yang sudah di jelaskan di atas. Sumber protein juga ada di sekitar kita dan sering jumpai dengan harga yang terjangkau. Jaga terus kesehatan Anda, terima kasih.

Read more: http://ayokesehatan.blogspot.com/2014/01/pengertian-protein-fungsi-protein-dan-sumber-protein.html#ixzz3LCLrNyPk

Materi Protein

Protein merupakan polimer alam yang tersusun dari asam-asam amino melalui ikatan peptida, sehingga protein juga disebut sebagai polipeptida. Di dalam tubuh kita protein berfungsi sebagai zat pembangun, pengatur, pertahanan, dan sebagai sumber energi setelah karbohidrat dan lemak. Protein dapat digolongkan berdasarkan strukturnya, bentuknya, dan fungsinya.

Asam-asam amino penyusun protein sekitar 20 jenis asam amino. Masa molekul relatif protein berkisar antara 6.000 hingga jutaan. Unsur utama penyusun protein terdiri atas C, H, O, dan N. Beberapa protein juga mengandung unsur S dan R. Marilah kita pelajari terlebih dahulu asam amino yang merupakan monomer dari protein, baru kemudian kita pelajari protein.

1. Asam Amino

Asam amino merupakan senyawa yang memiliki gugus asam karboksilat (–COOH) dan gugus amina –NH2. Secara umum asam amino dirumuskan dengan :

Bila gugus –NH2 terikat pada atom C setelah gugus karboksilat (–COOH) maka termasuk asam alfa (α) amino, selanjutnya β amino dan γ amino. Asam amino di alam pada umumnya terdapat sebagai asam alfa (α ) amino, sehingga yang kita pelajari adalah asam alfa (α ) amino.

Asam amino dapat dibedakan berdasarkan gugus R (rantai samping) sebagai berikut :

a.       Dengan rantai samping alifatik.

b.      Dengan rantai samping yang mengandung gugus hidroksil.

c.       Dengan rantai samping yang mengandung belerang

d.      Dengan rantai samping yang mengandung gugus asam atau amida

e.       Dengan rantai samping yang mengandung gugus basa

f.        Yang mengandung cincin aromatik

Meskipun terdapat sekitar 300 jenis asam amino di alam, hanya 20 yang terdapat dalam protein. Dari 20 jenis asam amino ini hanya 10 asam amino yang dapat disintesis dalam tubuh yang dikenal dengan asam amino nonesensial, dan yang 10 lainnya tidak dapat disintetis dalam tubuh yang dikenal dengan nama asamamino esensial. Asam amino esensial terdiri atas arginin, isoleusin, leusin, metionin, treonin, triptofan, dan valin.

Sifat-Sifat Asam Amino

1.      Asam amino memiliki gugus karboksil (– COOH) yang bersifat asam (dapat melepaskan H+) dan gugus amina yang bersifat basa (dapat menerima H+). Oleh karena itu, asam amino bersifat amfoter (dapat bereaksi dengan asam dan basa).

2.      Asam amino (kecuali glisin) memiliki atom C asimetris, sehingga asam amino bersifat optis aktif artinya dapat memutar bidang cahaya terpolarisasi.

3.      Oleh karena asam amino memiliki gugus yang bersifat asam dan gugus yang bersifat basa, maka molekul asam amino dapat mengalami reaksi asam-basa intra molekul membentuk ion zwitter yaitu ion yang bermuatan ganda (positif dan negatif).

Bila asam amino direaksikan dengan asam, maka asam amino bertindak sebagai basa (anion) yang akan menerima H+ dari asam.

Bila asam amino direaksikan dengan basa, maka asam amino bertindak sebagai asam (kation) yang akan melepas H+.

Dengan demikian dalam larutan muatan asam amino tergantung pada pH larutan. Bila asam amino yang bermuatan positif ditetesi dengan basa yang berarti dinaikkan pHnya maka asam amino melepaskan H⁺sehingga menjadi netral dan seterusnya menjadi bermuatan negatif. Sebaliknya, bila asam amino yang bermuatan negatif ditetesi asam yang berarti pH diturunkan, maka asam amino akan menerima H⁺ dari asam sehingga menjadi pH pada saat asam amino tidak bermuaan disebut titik isoelektrik. Dengan demikian di bawah titik isoelektriknya asam amino bermuatan positif dan sebaliknya di atas titik elektriknya asam amino bermuatan negatif.

Dalam keadaan padat kering, asam amino berada sebagai ion dipolar di mana gugus karboksil berada sebagai ion karboksilat (–COO–) dan gugus amino berada sebagai gugus amonium (–NH₃⁺)

Pembentukan Ikatan Peptida

Reaksi yang terpenting dari asam amino adalah pembentukan ikatan peptida. Dua molekul asam amino dapat berikatan dengan ikatan peptide dengan melepaskan 1 molekul air antara gugus amino dari satu asam amino dengan gugus karboksil dari asam amino yang lain.

Molekul yang terbentuk dari 2 asam amino melalui ikatan peptide disebut dipeptida. Karena dipeptida masih memiliki gugus amino dan gugus karboksil maka dipeptida dapat mengikat asam amino yang lain membentuk polipeptida yang disebut protein.

2. Protein

Semua protein merupakan polipeptida dengan massa molekul relatif besar, biasanya antara 8000 dan 10.000. Karena jumlah asam amino yang menyusun protein beraneka ragam jenis dan urutannya, maka dari 20 jenis asam amino dapat membentuk protein yang banyak sekali jenisnya. Seperti halnya dari 26 huruf dapat dibuat kata dan kalimat yang jumlahnya sangat banyak.

a. Struktur Protein

Struktur protein sangat kompleks dan memegang peranan penting dalam menentukan aktivitas biologisnya, struktur protein dibedakan menjadi struktur primer, sekunder, tersier, dan kuarterner.

1) Struktur Primer

Struktur primer menyatakan urutan asam-asam amino pada rantai protein dan letak ikatan disulfida bila ada. Karena protein dapat mengandung 100 atau lebih residu asam amino sehingga sulit menggambarkan rumus bangunnya. Oleh karena itu digunakan singkatan 3 huruf untuk tiap asam amino.

Misalnya: Glu – Ala – Lys – Gly – Tyr – Ala

2) Struktur Sekunder

Hubungan ruang asam amino yang berdekatan pada struktur primer, mungkin reguler dan berulang secara periodik. Karena adanya gaya dispersi atau ikatan hidrogen, suatu rantai polipeptida menggulung seperti spiral (alfa heliks).

3) Struktur Tersier

Struktur tersier protein merupakan susunan keseluruhan dan hubungan berbagai bagian dari suatu rantai polipeptida.

4) Struktur Kuarterner

Suatu protein dikatakan mempunyai struktur kuarterner bila protein terdiri atas 2 rantai polipeptida atau lebih disatukan oleh gaya dispersi (ikatan hidrogen). Protein seperti ini dinamakan oligomer, sedangkan asam amino yang menyusunnya disebut monomer.

b. Sifat-Sifat Protein

– Protein tidak menunjukkan titik cair tertentu dan tidak dapat disuling.

– Pada umumnya protein bersifat koloid hidrofil.

– Larutan protein dapat diendapkan/dikoagulasikan dengan penambahan larutan pekat NaCl, MgSO4, (NH4)2SO4, alkohol, aseton, asam, dan basa atau dengan pemanasan 100°C. Protein yang telah dikoagulasikan tidak dapat larut dalam air atau dengan pendinginan karena telah mengalami perubahan irreversibel yang disebut denaturasi. Protein yang telah mengalami denaturasi umumnya telah kehilangan fungsi biologinya meskipun rangkaian asam-asam amino tidak rusak. Denaturasi protein terjadi akibat perubahan struktur terutama struktur tersier dan struktur kuarternernya.

– Dapat mengalami hidrolisis oleh asam-asam encer menjadi asam-asam amino. Hidrolisis protein juga dapat dilakukan oleh enzim protease.

c. Penggolongan Protein

1) Berdasar Fungsi Biologinya

Berdasarkan fungsi biologinya protein diklasifikasikan menjadi 7 golongan sebagai berikut.

a) Enzim

Enzim merupakan golongan protein yang terbesar dan sangat penting dalam tubuh makhluk hidup. Fungsi enzim adalah sebagai katalisator yang spesifik pada reaksi kimia dalam makhluk hidup. Enzim dapat mempercepat reaksi kimia tanpa terjadi kenaikan suhu, perubahan pH, dan hasil reaksi tambahan seperti yang terjadi pada reaksi-reaksi

kimia biasa.

Contoh: pepsin, stipsin, ribonuklease

b) Protein Pembangun.

Protein pembangun berfungsi sebagai zat pembentuk struktur baik yang baru maupun mengganti sel yang rusak.

Contoh:

-          Glikoprotein dalam dinding sel

-          keratin dalam kulit

c) Protein Transpor

Protein transpor mempunyai kemampuan mengikat dan memindahkan molekul atau ion spesifik melalui aliran darah.

Contoh:

-          Hemoglobin dalam sel darah merah berfungsi sebagai alat pengangkut oksigen dalam darah

-          Mioglobin sebagai alat pengangkut oksigen dalam jaringan otot

d) Protein Pelindung (Antibodi)

Protein pelindung berfungsi melindungi organisme dari serangan penyakit.

Contoh:

-          Imunoglobin (antibodi) dapat menetralkan bakteri, virus, dan antigen (protein asing).

-          Fibrinogen dan trombin merupakan protein penggumpal darah bila terjadi luka.

e) Protein Pengatur (Hormon)

Protein pengatur berfungsi mengatur aktivitas sel.

Contoh: Insulin mengatur metabolisme glukosa.

f) Protein Cadangan

Protein cadangan disimpan untuk berbagai proses metabolism dalam tubuh.

Contoh: Kasein pada susu, Ovalbumin pada putih telur

g) Protein Kontraktil

Protein kontraktil memberikan kemampuan pada sel dan organisme untuk berubah atau bergerak.

Contoh: Aktin dan miosin berperan dalam sistem kontraksi otot rangka.

2) Berdasar Bentuknya

Berdasar bentuknya protein digolongkan menjadi dua, yaitu protein globular dan protein serabut. Protein globular memiliki rantai polipeptida berlipat rapat menjadi bentuk bulat padat (globular), yang memiliki fungsi gerak.

Contoh: Hemoglobin dan enzim

Protein serabut memiliki fungsi pelindung, contoh: L–keratin pada rambut dan kolagen pada urat.

3) Berdasarkan Komposisi Kimia

Berdasarkan komposisi kimianya, protein dibedakan menjadi protein sederhana dan protein terkonjugasi. Protein sederhana hanya tersusun dari asam-asam amino. Contoh: enzim ribunoklease.

Pada protein terkonjugasi asam amino juga terikat gugus lain

Contoh:

Lipoprotein, protein yang terkonjugasi lipid (lemak)

Glikoprotein, protein yang terkonjugasi karbohidrat

Fosfoprotein, protein yang terkonjugasi gugus fosfat

Beberapa reaksi pengenal protein.

1. Reaksi Biuret

Reaksi biuret adalah reaksi yang umum untuk protein (ikatan peptida). Bila protein ditetesi dengan larutan NaOH, kemudian larutan CuSO₄ encer (2%) maka akan terbentuk warna ungu. Reaksi ini berdasar adanya gugusan peptida.

2. Reaksi Millon

Reaksi Millon digunakan untuk mengidentifikasi adanya tirosin pada protein. Bila protein yang mengandung tirosin dipanaskan dengan merkuri nitrat Hg(NO₃)₂ yang mengandung asam nitrit, maka akan terjadi jonjot merah.

3. Reaksi Xantoproteat

Reaksi Xantoproteat untuk menguji protein yang mengandung gugus fenol (cincin benzena). Bila protein yang mengandung cincin benzena ditambah HNO3 pekat dan kemudian dibuat alkalis maka akan terjadi warna kuning.

4. Uji Terhadap Belerang

Untuk menguji adanya belerang dalam protein maka ke dalam protein ditambahkan larutan NaOH pekat dan dipanaskan, kemudian ditambahkan Pb(NO₃)₂. Adanya belerang ditandai terjadinya endapan hitam dari Pbs.

Analisis Protein

Tutorial Aplikasi Open Babel

Software Kimia - Open Babel

Program baris perintah open am baris perintah open babel mengubah benda kimia (saatmolekul atau reaksi)  dari sadari satu format file yang lain. Open babelantarmuka pengguna grafis (GUI)adalah sebuah alternatif untukmenggunakan baris perintah danmemiliki kemampuan yang sama.Sejak Open Babel 2.3, GUI tersedia cross-platform pada Windows, Linux danMacOSX. Pada Windows, Anda dapat menemukannya di Start Menu di folderOpen Babel; pada Linux dan MacOSX, GUI dapat dimulai dengan perintahobgui. Karena fungsi GUI cermin yang obabel, Anda harus berkonsultasi bab sebelumnya untuk belajar tentang fitur yang tersedia dan bagaimana menggunakannya. Bab ini menjelaskan penggunaan umum GUI dan kemudianberfokus pada fitur-fitur yang khusus untuk GUI.

Operasi dasar :
Meskipun GUI menyajikan banyak pilihan, operasi dasar sangat muda, yaitu :Pilih jenis tipe file masukan dari daftar dropdown. Klik tombol "..." dan pilih file. Pilih format output dan file dalam cara yang sama. Anda hanya dapat menampilkan output tanpa menyimpannya dengan tidak memilih file output atau dengan memeriksa "Output di bawah ini hanya ..".
Klik "Convert" tombol.Jendela pesan di bawah tombol memberikan jumlah molekuldiubah, dan isi dari file output akan ditampilkan.Secara default, semua molekul dalamfile input dikonversi jika format outputmemungkinkan beberapa molekul.

pilihan :
Opsi di tengah orang-orang yang tepat untuk jenis objek kimia yang dikonversi (molekulatau reaksi) dan format input dan output. Mereka berasal dari teks deskripsi yang ditampilkan dengan pilihan -Hxxx dalam antarmuka baris perintah dan dengan "infoFormat" tombol di sini. Anda dapat menonaktifkan tampilan salah satu dari berbagaijenis pilihan menggunakan menu View jika layar terlalu berantakan.

Beberapa file masukan :
Anda dapat memilih beberapa file masukan dalam dialog file input dengan cara biasa(misalnya, menggunakan tombol Control pada Windows). Pada kotak nama file input, masing-masing nama file ditampilkan relatif terhadap jalan yang ditunjukkan tepat di atas kotak,yang merupakan jalur file pertama. Anda dapat menampilkan salah satu file dengan menggerakkan puncak dengan Tab / Shift Tab, Page Up / Down, roda mouse, atau dengan mengklik ganda.

Memilih satu atau lebih nama file baru biasanya menghilangkan yang sudah ada, tetapi mereka dapat malah ditambahkan dengan menahan tombol Control turun ketikameninggalkan dialog pemilihan file.

File dapat juga menyeret dan menjatuhkan (misalnya dari Windows Explorer),menambahkan file ketika tombol Control ditekan, menggantikan file yang ada jika tidak.
Biasanya setiap file dikonversi sesuai dengan ekstensi dan file masukan tidak harussemua sama, tetapi jika Anda ingin menggunakan nama file non-standar yang ditetapkankotak centang "Gunakan format ini untuk semua file masukan ..."
Jika Anda ingin menggabungkan beberapa molekul (dari satu atau lebih file) menjadi molekul tunggal dengan bagian terputus, pilihan menggunakan "Bergabung semuamolekul masukan ..."

Wildcard dalam nama file :
Ketika nama file masukan diketik secara langsung, salah satu dari mereka dapat berisi karakter wildcard * dan?. Mengetik Masukkan akan mengganti ini dengan daftar fileyang cocok. Nama-nama wildcarded dapat dikembalikan dengan mengetik Masukkansambil menekan tombol Shift. Asli atau versi yang diperluas akan berperilaku samaketika "Convert" tombol ditekan.
Dengan termasuk wildcard * baik input dan nama file keluaran Anda dapat melakukankonversi batch. Misalkan ada file first.smi, second.smi, third.smi. Menggunakan * .smisebagai nama file input dan * .mol sebagai nama file output yang akan menghasilkan tiga file first.mol, second.mol dan third.mol. Jika nama file keluaran adalah NEW _ *. Mol,maka file output akan NEW_first.mol, dll

input lokal
Dengan memeriksa "Input di bawah ini ..." kotak centang Anda dapat mengetik teksmasukan langsung. Kotak teks berubah warna untuk mengingatkan Anda bahwa itu adalah teks ini dan bukan isi dari setiap file yang akan dikonversi.

Output file :
Nama file output dapat sepenuhnya ditentukan dengan jalan, tetapi jika tidak, makadianggap relatif path file input.

tampilan grafis :
Struktur kimia yang dikonversi dapat ditampilkan (seperti SVG) dalam program eksternal. Secara default ini adalah Firefox tetapi dapat berubah dari item padaViewmenu (misalnya, Opera dan Chrome bekerja dengan baik). Ketika "Tampilan difirefox" (dengan nama file output) diperiksa, struktur akan ditampilkan di Firefox tabbaru. Dengan beberapa molekul layar dapat diperbesar (roda mouse) dan menyorot(menyeret dengan tombol mouse tertekan). Sampai dengan 100 molekul mudahditangani, tetapi dengan sistem yang lebih mungkin lambat untuk memanipulasi. Hal ini juga mungkin lambat untuk menghasilkan, terutama jika koordinat 2D atom harusdihitung (egfrom SMILES). Sebuah Firefox tab baru dibuka setiap kali Convert ditekan.

Menggunakan satu set terbatas format :
Sangat mungkin bahwa Anda hanya akan tertarik pada subset dari berbagai macamformat ditangani oleh Open Babel. Anda dapat membatasi pilihan yang ditawarkandalam kotak dropdown, yang membuat pemilihan rutin lebih mudah. Mengklik "Pilih setformat" pada Viewmenu memungkinkan format yang akan ditampilkan untuk dipilih.Selanjutnya, klik "penggunaan terbatas set format" pada menu View matikan fasilitas inidan mematikan.
Menggunakan satu set dibatasi mengatasi bug menjengkelkan dalam versi Windows.Dalam FILEOPEN dan Simpan dialog file yang ditampilkan dapat disaring oleh formatsaat ini, All Kimia Format, atau All Files. Semua Kimia Format Filter hanya akan menampilkan pertama 30 format mungkin (berdasarkan abjad). The All Files memangakan menampilkan semua file dan proses konversi tidak akan terpengaruh.

fitur lain
Sebagian besar parameter antarmuka, seperti format yang dipilih dan ukuran jendeladan posisi, yang diingat antara sesi.
Menggunakan menu View, input dan output kotak teks dapat diatur untuk tidakmembungkus teks. Saat ini Anda harus me-restart program untuk ini akan berlaku.
Kotak pesan di bagian atas jendela teks keluaran menerima keluaran program padakesalahan dan pemeriksaan logging, dan melaporkan beberapa kemajuan. Hal ini dapatdiperluas dengan menyeret ke pembagi antara jendela.

file contoh :
Dalam distribusi Windows, ada tiga file kimia termasuk untuk mencoba:
- Serotonin.mol yang memiliki 3D koordinat atom
- Oxamide.cml yang 2D dan memiliki sejumlah besar properti yang akan terlihat ketika mengkonversi ke SDF
FourSmallMols.cml yang (tidak mengejutkan) berisi empat molekul tanpa koordinatatom dan dapat digunakan untuk menggambarkan penanganan beberapa molekul:
Mengatur format output untuk SMI (yang mudah untuk melihat), Anda dapat mengkonversi hanya molekul kedua dan ketiga dengan memasukkan 2 dan 3 dalamkotak pilihan yang sesuai. Atau mengkonversi hanya molekul dengan ikatan tunggal COdengan memasukkan CO dalam kotak SMARTS pilihan.

Struktur penyaringan :
Kami akan menggunakan dataset dari 16 benzodiazepin. Ini semua sebagai berikutsubstrukturnya (gambar dari Wikipedia):

     1. Buat folder pada Desktop disebut Kerja dan menyimpan benzodiazepines.sdf ada
     2. Mengatur konversi dari SDF ke SMI dan mengatur benzodiazepines.sdf sebagai file  input
     3. Centang Tampilan di Firefox
     4. klik CONVERT

Hapus duplikat :
Jika Anda perhatikan dengan teliti pada penggambaran molekul pertama dan terakhir(atas kiri dan kanan bawah) Anda akan melihat bahwa mereka menggambarkan molekul yang sama.

     Lihatlah string SMILES untuk molekul pertama dan terakhir. Jika dua molekulsebenarnya sama, mengapa dua string SMILES berbeda? (Petunjuk: coba gunakan CAN -SMILES kanonik bukan SMI.)

Kita dapat menghapus duplikat berdasarkan Inchi (misalnya):

   

  Centang kotak di samping menghapus duplikat dengan deskripsi dan masukkan inchisebagai deskriptor

     klik CONVERT

Duplikat dapat dihapus berdasarkan salah satu deskriptor yang tersedia. Daftar lengkapdapat ditemukan dalam menu di bawah Plugins, deskriptor.

     Apakah salah satu deskriptor lain berguna untuk menghilangkan duplikat?

Penyaringan dengan substruktur

     Berapa banyak dari molekul berisi substruktur berikut?

The SMILES string molekul ini adalah c1ccccc1F. Ini juga merupakan SMARTS string yang valid.

     Gunakan SMARTSviewer di ZBH Pusat Bioinformatika, Universitas Hamburg, untuk memverifikasi arti SMARTS tali c1ccccc1F.

Menghapus molekul berpotensi toksik :
Menyaring dataset molekul dengan substruktur sangat berguna jika Anda perlu untukmenghapus molekul dengan kelompok-kelompok fungsional bermasalah. Sebagai contoh, kelompok fungsional tertentu yang berkaitan dengan masalah toksikologi.
Mari kita menyaring molekul menggunakan substruktur ini:

     Pada bagian Options, masukkan c1ccccc1F ke dalam kotak berlabel Convert hanya jikaSMARTS pertandingan atau mol dalam file
     Klik CONVERT.

     Berapa banyak struktur yang cocok?

     Sekarang semua orang yang tidak cocok dengan mendahului SMARTS filter dengantilde ~, yaitu ~ c1ccccc1F.
     Klik CONVERT.

     Berapa banyak struktur tidak cocok?

Filter dengan deskripsi :
screenshot

Seperti dibahas di atas, Open Babel menyediakan beberapa deskripsi. Di sini kita akanfokus pada berat molekul, MW.
Untuk mulai dengan, mari kita menunjukkan berat molekul dalam penggambaran:

     Hapus judul yang ada dengan memasukkan satu ruang ke dalam kotak Tambah atau mengganti judul molekul
     Mengatur judul dengan berat molekul dengan memasukkan MW ke dalam kotakproperti Tambah atau deskripsi dalam daftar judul
     klik CONVERT

Anda harus melihat berat molekul di bawah setiap molekul dalam penggambaran.Perhatikan juga bahwa output SMILES memiliki berat molekul samping setiap molekul.Hal ini dapat berguna untuk mempersiapkan spreadsheet dengan string SMILES danberbagai sifat dihitung.
Sekarang mari kita mengurutkan berdasarkan berat molekul:

     Masukkan MW ke dalam kotak Urutkan berdasarkan deskripsi dan klik CONVERT

Akhirnya, berikut adalah cara untuk menyaring berdasarkan berat molekul. Perhatikan bahwa tidak ada langkah-langkah sebelumnya diperlukan untuk filter untuk bekerja.Kita akan mengkonversi semua molekul-molekul dengan berat molekul antara 300 dan320 (dalam ekspresi berikut & menandakan Boolean AND):

     Masukkan MW> 300 & MW <320 ke dalam kotak Filter hanya mengkonversi ketikates adalah benar dan klik CONVERT

 
Filter oleh properti :
Format SDF, sama dengan beberapa format file lain, memungkinkan bidang properti untuk setiap molekul. Terbuka Babel memungkinkan pengguna untuk menyaringmenggunakan ini, tambahkan nilai ke judul, menghapus atau mengganti.

Semoga bermanfaat kak :)

Sumber : http://openbabel.org/wiki/IBabel